Stormfloder og udfordringer

Den kystnære placering var dog ikke uden udfordringer. Oversvømmelser blev et problem, især under stormfloden i 1872, hvor møllen led stor skade. Som en konsekvens blev døren til møllen muret til. Yderligere en stormflod i 1904 tvang møllerboligen og en staldlænge til at blive flyttet længere ind på øen.

Fra vindkraft til elektrisk drift

Mølleriet fortsatte uændret frem til 1961, men i de sidste år blev vindkraften kun brugt til at starte motoren. Senere blev møllen helt eldrevet, og en kværn blev installeret i en ny magasinbygning ved gården. I 1967 ophørte det egentlige mølleri, men den sidste aktive møller, Verner Møller Madsen, fortsatte i mindre skala indtil sin død i 1983.

Bevaring og Nutidens Strynø Mølle

I 1984 blev Strynø Mølle fredet og har siden gennemgået flere restaureringer. I 1996 fik den nye vinger af lærketræ med hækværk til sejl. Dog er møllen ikke længere funktionsdygtig, og meget af det oprindelige inventar er ikke bevaret. Møllen og det gamle stuehus, som senere blev brugt som pakhus og nu er sommerbolig, ejes stadig af Mads Jørgensens efterkommere i 4. generation.