Holbæk Fjord ligger i den sydvestlige del af Isefjorden på Sjælland.
Fjorden går mod øst ud til Inderbredning, der har forbindelse via Vesterløb og Østerløb rundt om Orø ude i selve selve Isefjorden.
Holbæk Fjord er omkring 7 km lang i vest-østretning og 2-3 km i nord-sydlig retning.
Holbæk ligger på fjordens sydside og Tuse Næs på nordsiden.
I Holbæk Fjord ligger Holbæk Havn, samt Holbæk Golfklub på Kirsebærholm.
Der er mange forskellige typer af muslinger og snegle i fjorden, som er føde for mange dyr i og ved Holbæk Fjord bla. mågerne.
I området ved Holbæk Havn, er bla. tamduer, Husrødstjert, Hvid Vipstjert, og utrolig mange måger.
Isefjord er en omkring 35 km lang og 305 km² stor tærskelfjord – en fjord er et havområde med land på tre sider, og en tærske er, at den indre del er betydelig dybere end den ydre del. Fjorden ligger i Nordvestsjælland og den har udløb i Kattegat mellem Hundested og Rørvig.