Odense Fjord er ca. 13 km. lang. Den forbinder Odense Havn med Kattegat. I bunden af Odense Fjord har Odense Å sit udløb. I den vestlige side har Lunde Å, og Horsebæk deres udløb. I den sydøstlige side har Vejrup Å og Geelså deres udløb. I Odense Fjord ligger de to beboede øer, Vigelsø og Tornø, samt ca. 25 små holme. Midt i (sydøstlige side) af Odense Fjord lå Lindøværftet (i dag hedder området Lindø Industripark) ved byen Munkebo.

I 2004 blev den vestlige del af fjorden udpeget til Fuglebeskyttelsesområde og EU-habitatområde under Natura 2000projektet. Dette område består af 4136 ha hav og 912 ha land.