Onkel Toms Hytte blev bygget af en tysk jøde – Louis Islin. Han var gammel sømand og kendte jargonen på skibene og ikke mindst deres behov. Han byttede af og til med søfolkene fx. til eksotiske dyr. Huset blev hurtigt for lille, og i 1908 udvidede han til den størrelse det har i dag. Louis Islin døde i 1922 og derefter overtog Købmand Lind huset.

Lind, der havde huset i nogle år, fandt det have en vis lighed med et vikingeskib og hans forretningsbomærke blev derfor et vikingeskib.

I 1925 overtog Niels Richardt Jondahl huset. Niels Jondahl boede i huset med sin kone og to unge døtre, en svigersøn og to colliehunde. Jondahl drev i 50+ år tobaks og vinforretning. I krigens tid var det godt at være tobakshandler, men i 1970érne blev store dele af Frihavnen ødet pga. containeriseringen.
I 1970érne blæste tagryggen af huset af under en kraftig storm. Dette gjorde udslaget for at Jondahl ikke orkede mere, især fordi han manglede de fornødne forsikringer. Han bad Steen Heick om at overtage huset. 

Steen Heick havde haft sin gang i forretningen i mange år, og han viste allerede på det tidspunkt, at kommunen havde nogle andre planer for Onkel Toms Hytte end ham selv. Huset er Steen Heicks børnebørns barndomshjem. De hedder Louis og Emilie, som grundlæggerne også hed i 1905!

Onkel Toms  Hytte kan skue over til sin *fætter* – genboen Frans Schwartz’ hus på samme vej. Dette blev restaureret på samme tid som Dragehuset blev genopbygget.

Huset har bla. været med i Olsen Banden-filmen *Det store kup*.