Springvandet er doneret af Foreningen til Hovedstadens Forskønnelse. De udskrev i 1888 en konkurrence i anledning af kronprins Frederiks (Frederik 8.) og kronprinsesse Louises forestående sølvbryllup. Springvandet blev indviet i 1894.

I en del år hed det sig, at det var hejrer og ikke storke. Denne tvivl blev dog fjernet af Knud Flensted fra Dansk Ornitologisk Forening.

Den gang springvandet var nyt, plaskede vandet mod fuglenes vinger, hvorpå det sprøjtede de forbipasserende i ansigtet. Politiet måtte i starten rykke jævnligt rykke ud, da ballademagere smed folk op i kummen. Derefter lukkede kommunen i en periode for vandet, men åbnede det igen da folk begyndte at tømme affald i kummen. 

I 1950érne blev det en tradition at nyuddannede jordemødre danser omkring springvandet.

Ved ungdomsoprøret i 1960’erne var Storkespringvandet samlingssted for hippier. Her hang de ud og røg hash, samt spillede guitar. Dette var til stor forargelse for borgerskabets og det endte ofte i konflikt med politiet.