De første skridt til AAU i København blev taget tilbage i 2002. Her udbød AAU uddannelsen Medialogi i København i samarbejde med Den Sociale Højskole. I 2005 kom et nyt samarbejde med Ingeniørhøjskolen i København, hvorpå AAU flyttede sine aktiviteter til Ballerup. Fra 2005 til 2012 udbyggede AAU i Ballerup. Samarbejdet med Ingeniørhøjskolen blev udvidet, der kom flere uddannelser, og AAU etablerede flere forskningsaktiviteter.

I 2011 offentliggjorte AAU en aftale med Nokia Danmark om at overtage Nokias lejekontrakt med PFA på 3 bygninger i Københavns Sydhavn på 42.500 kvm. Denne aftale betød, at Nokia donerede meget af sit udstyr til AAU. I sommeren 2012 overtog AAU CPH Nokias bygninger på A.C Meyers Vænge og Frederikskaj. Alle aktiviteter hos AAU i hovedstadsområdet blev nu samlet under samme tag.

På AAU CPH forskes og uddannes der indenfor både Humaniora, IT og Design samt Engineering og Naturvidenskab. Forskningen på AAU CPH er en integrereret del af AAU’s forskning på de tre campusser i Aalborg, Esbjerg og København. Det betyder bla., at de fleste forskere og ph.d.’ere er tilknyttet et hovedinstitut i Aalborg.
Følgende 13 institutter er repræsenteret på AAU CPH:
– Institut for Arkitektur og Medieteknologi, – Institut for Elektroniske Systemer, – Institut for Kemi og Biovidenskab, – Institut for Kommunikation og Psykologi, – Institut for Kultur og Læring, – Institut for Planlægning, – Institut for Matematiske Fag, – Institut for Materialer og Produktion, – Institut for Økonomi og Ledelse, – Institut for Sociologi og Socialt Arbejde, – Institut for Politik og Samfund, – Klinisk Institut og Statens Byggeforskningsinstitut.