Farum Sø er den tredjestørste sø i Mølleåens vandløbssystem (efter Furesø og Bagsværd Sø). I søen er der 2 øer, Svaneholm og Klavs Nars Holm.
Klavs Nars Holm er privatejet og be­boet. Farum Sø har et areal på 20 ha. Dens middeldybde er 6,3 m., den max dybde er 14,7 m. Volumen er 7,9 mio. m³ og søens oplandsareal er på 32,8 km².

Omkring Farum Sø er Farum Naturpark (Naturpark Mølleåen), som er ejet af Miljøministeriet og Naturstyrelsen og administreret af Københavns Statsskovdistrikt.

Farum Sø har et vigtigt tilløb, Hestetangså – den er i søens vest­lige ende. Dens afløb er i østenden via Fiskebæk, der 500 m. efter løber ud i Furesø. Vandet i Fiskebæk kan løbe den modsatte vej ved østlig vindretning. Vandkvaliteten har været stigende de senere år, dog er den endnu ikke helt tilfredsstillende. Målsætningen er en sommersigtdybde på mindst 2,5 m. i gennemsnit og en fosforkoncentration på ikke over 0,075 mg pr. liter i gennem­snit over hele året.

Søen er beskyttet som EU-fuglebeskyttelsesområde og som EU-habitatområde, og der er forbud mod motorsejlads på søen. Der er et varieret fugleliv, bla. er der hvinænder, troldænder og stor skallesluger. I sommerperioden kan der ses rørhøge, og fiskeørne besøger søen under forårs- og efterårstrækket. Der lever også undslupne mink (før 2021), som gør stor skade på fuglebestanden, og deres antal søges begrænset ved opstilling af fælder.