Ved siden af Holmens hovedvagt *Under Kronen* ligger Batteriet Sixtus. Dette anvendes til afgivelse af salut ved officielle lejligheder. Her står *Rigets Flag* på flagbastionen. Rigets flag hejses ved solopgang og nedhales ved solnedgang under afgivelse af et kanonskud fra Sixtus. Rigets flag er kun på halv stang på påskens langfredag og når monarken afgår ved døden.

På Nyholm ligger en række ældre bygninger, som er opført til de helt særlige funktioner, som der har været brug for til flådefartøjernes udrustning og vedligeholdelse. Fx. ligger der her nogle anseeligt store bindingsværkshuse. Disse har været brugt til opbevaring af skibenes rigning mm., når de var oppe om vinteren. Mange af disse huse er fra omkring 1740érne. Når skibe skulle have fx. nye master på, blev de hejst med den kæmpe mastekran ud mod Københavns Inderhavn. Denne blev opført i ca. 1751. Den kan håndtere de tunge master.

Da Danmarks flåde blev grundlagt i start 1500-tallet havde København et flådeværft på Bremerholm – tæt på Slotsholmen. Da der var mange brandfarer på flådeværftet, flyttede man det udenfor byen – Samtidig med udbygningen af flåden efter svenskekrigene i midten af 1600-tallet, var der behov for mere plads. Her foreslog admiral Niels Juel, at man anlagde den nye flådehavn i farvandet udenfor Københavns Toldbod og Kastellet.

I 1690’erne hvor man var godt igang med inddæmning og opfyldning, kunne det første skib søsættes fra det nye flådeværft ved Holmen.

Værftet voksede op gennem 1700-tallet der i begyndelsen bestod af de to kunstige øer Nyholm og Christiansholm. Øerne lå med ca. 500 m. imellem sig, men efterhånden blev føjet sammen af nogle aflange, kunstige øer. Her placerede man de bygninger, der var nødvendige for at kunne udruste skibene.

Arsenaløen og Frederiksholm var færdigbygget i 1750’erne. Senere i 1700-tallet blev Nyholm yderligere udvidet og i 1800-tallet blev Arsenaløen og Frederiksholm gjort større. Derefter blev Dokøen ud for Frederiksholm. I ca. 1860 blev de sidste dele af den gamle flådehavn flyttet til Holmen. Der blev herefter opført en større mængde nye bygninger, bla. de store smedjer på Frederiksholm.