Af kongelige beboelse kan nævnes Dronningens arbejdsværelse, spisesalon, fællessalon, soverum mm. Dronningen har tager del i indretningen, valg af møbler og generel udrustning. I den kongelige afdeling er der møbler og udrustning fra det forrige kongeskib fra 1879.

Kongeskibet Dannebrog er en selvstændig kommando. Det administreres af Dronningens Jagtkaptajn, der er medlem af Majestætens hofstab. Besætningen af Dannebrogs består af ni officerer, syv sergenter, to konstabler og 36-39 værnepligtige – de er alle specielt udvalgte fra Søværnet.

I januar hvert år starter der et nyt hold værnepligtige på Søværnets grundskole i Frederikshavn. Her gennemgår de en omfattende sømilitær grunduddannelse, før de møder om bord på Kongeskibet Dannebrog i april.

Alle de praktiske opgaver om bord, som rorgænger- og udkigstjans under sejllads, vagttjeneste i havn samt rengøring og pudsning af den anseelige mængde messing – både indvendigt og udvendigt klarer de værnepligtige. Kokke, bager og maskinfolk er værnepligtige med faglige uddannelser. De værnepligtige er med én sommer, mens befalingsmændene er normalt tilkommanderet i to-fire års perioder. De fleste af de værnepligtige fortsætter der karriere i Søværnets andre skibe efter endt tjeneste og uddannelse om bord på Kongeskibet.