Dengang da kong Frederik 3. kom på tronen, valgte han at videreførte de store planer for udbygningen af København, den tidligere kong Christian den 4. startede.
I 1661 kom den hollandske fæstningsingeniør, Henrik Rysensteen, til København. Han tilpassede en ældre plan om kanaler efter hollandsk mønster i bydelen nord for den gamle by, som blev kaldt Ny-København. Her foreslog Rysensteens som en del af projektet, at anlægge en kanal fra havneløbet og helt ind til byens nye plads, Kongens Nytorv. Havnen her, var som Christianshavn-anlægget et led i planen om at gøre København til centrum for østersøhandlen. Der skulle bebygges med handels- og pakhuse, samt være boliger for søfolkene.

Denne idé om en ny havn, var et udtryk for den nye form for kongemagt i Danmark, nemlig enevælden. Her havde kongen på den ene side den fulde magt i samfundet, men på den anden side forpligtede sig til at understøtte dets udvikling. Den oprindelige plan var, at kanalen skulle sættes i forbindelse med Holmens Kanal, hvorpå hele Gammelholm ville være blevet en ø – det blev dog aldrig til noget.

Tilbage i 1671-1673 blev havnen udgravet af svenske krigsfanger fra den Anden Karl Gustav-krig. Soldaterne havde kun spader og trillebøre til rådighed. Denne blev gravet som et alternativ til den allerede eksisterende havn.

Havnens officielle navn var i starten *Gyldensløves Kanal*, fordi den førte forbi Ulrik Gyldenløves residens, Charlottenborg. Havnen har også haft andre navne, *Nyhavnskanalen* og *Den Nye Havn* og blev indviet af Kong Christian 5. i 1670’erne – i dag hedder det bare Nyhavn. Den startede som en travl erhvervshavn, hvor skibe fra hele verden lagde til kaj.

Kanalen er 450 m lang og 30 m bred. Grundejerne langs kanalen blev pålagt, at de selv skulle sørge for at etablere bolværker ud for deres ejendomme.

De smukke gamle huse er over 300 år gamle, hvor det ældste hus er Nyhavn nr. 9 fra 1681. Husene er skønne, gamle og skæve huse, som før husede købmænd.

I dag er der i Nyhavn fortovscafeer, barer og restauranter, især på den nordøstlige side, som er solsiden. De mest kendte er Nyhavn 17 og Cap Horn. Nyhavn var før den store gennemgribende renovation i 1980érne en af Københavns skumle kvarterer, hvor der var sømandsværtshuse og de dengang tilhørende glædespiger.

H.C. Andersen

Digteren H.C. Andersen boede i løbet af 20 år i tre af husene.
– i 1834 boede han i nr. 20,
– fra 1848 til 1865 i nr. 67
–  fra 1871 og frem til sin død i 1875 i nr. 18.

I 1874-1875 blev Nyhavnsbroen mellem Holbergsgade og Toldbodgade blev oprindeligt anlagt. Denne blev erstattet af den nuværende klapbro i 1911-1912. Broen deler Nyhavn i en indre del, hvor der nu ligger veteranskibe, og en ydre del.

Det store mindeanker for enden af Nyhavn blev opsat i 1951. Dette er til minde om de danske søfolk, der omkom under Anden Verdenskrig.

Tæt ved Nyhavn ligger Inderhavnsbroen, som er til gående og cyklister.

Rejsen til Amerika

Da udvandringen omkring år 1900 begyndte til andre lande – først og fremmest til USA, var det ofte i Nyhavn at man købte billetten til dampskibet. Udvandrene kom også fra provinsen og Sverige. Der var hele 7 forskellige udvandrer-rederier bla.:
– Thingvalla-linien
– Hamburg-Amerika Paketfart 
– Cunard-linien

I 1880’erne og 1890’erne rejste op mod 14.000 hvert år til udlandet via Nyhavn.

Livlige Nyhavn

I 1900-tallet forandrede Nyhavn sig mere og mere til et forlystelseskvarter. Sømændene kom her stadig, selvom deres skibe nu lå ved fx. Kvæsthusbroen eller i frihavnen. Nyhavn fik sit rygte som et livligt kvarter med *øl i stride strømme* og *sang og banjospil* – som Sigfred Pedersen digtede i 1943 i sin vise *Nu går våren gennem Nyhavn*. Han boede i Nyhavn 17. Søfolkene forsvandt efterhånden helt fra Nyhavn. Dette skete i takt med at containertrafikken steg, og opholdene i havnene blev kortere, hvorpå der ikke var meget tid til landlov. Derved blev Nyhavn en del af det københavnske forlystelsesliv, som ikke mindst tiltrak turisterne.