På den nordlige bred, mellem Farum, gennem Bistrup og til Holte ligger der et våd-, mose- og engområde, som kaldes Vaserne. Her veksler landskabet mellem flere tørvegrave fra 2. verdenskrig og ellesumpe, som giver et varieret landskab. Her er et rigt fugleliv, med bla. nattergale.

Der er ved Furesø indrettet badestrande, Frederiksdal Fribad og Furesøbadet. Ved Frederiksdal Fribad ligger der rester fra et middelalderligt voldsted ved navn Hjortholm Voldsted. Furesø er beskyttet naturområde 3150 under det europæiske NATURA 2000 netværk. Her er både habitat- og fuglebeskyttelsesområde. Vaserne, Næsset og Stavnsholt er fredet.

Efter istiden lå Furesøen i et udstrakt tunneldalsystem. Dette blev dannet af floder, da istidens kalot smeltede for 10-12.000 år siden. Dette vandtryk spulede store huller i undergrunden. Dengang var vandretningen modsat end i dag, da isranden stod mod vest. Istiden efterlod sig et landskab, fyldt med større og mindre søer.

Dybden i Furesø er delt op i 2 områder: Hovedbassinet hvor der er en gennemsnitlig dybde på 16,5 m og Store Kalv, hvor der er mere lavvandet, har en gennemsnitlig dybde på 2,5 m. Søbunden i hovedbassinet er kuperet med skrænter, hvor der er 20 m. lodret ned i dybet.

I starten af 1900-tallet begyndte man at udlede spildevand til søen. Dette resulterede i en overdreven algeproduktion med deraf følgende grønt og grumset vand om sommeren. Dette gjorde fordelingen mellem rovfisk og fredfisk skæv. I 1970’erne begyndte man at reducere udledningen af spildevand, og i 2002 var niveauet for udledning af spildevand som i start 1900-tallet, hvor søen var kendt for at være meget ren.

Furesø´s bund havde stadigt et for højt indhold af fosfor og fra 2003-06 var der et stort restaureringsprojekt. Dette skulle forbedre natur og miljø i søen og føre den tilbage til dens tilstand omkring år 1900.

Det er tilladt at fiske i Furesø. Der kan fanges gedde, skaller, aborre, sandart, brasen.