Dybden i Furesø er delt op i 2 områder: Hovedbassinet hvor der er en gennemsnitlig dybde på 16,5 m og Store Kalv, hvor der er mere lavvandet, har en gennemsnitlig dybde på 2,5 m. Søbunden i hovedbassinet er kuperet med skrænter, hvor der er 20 m. lodret ned i dybet.

I starten af 1900-tallet begyndte man at udlede spildevand til søen. Dette resulterede i en overdreven algeproduktion med deraf følgende grønt og grumset vand om sommeren. Dette gjorde fordelingen mellem rovfisk og fredfisk skæv. I 1970’erne begyndte man at reducere udledningen af spildevand, og i 2002 var niveauet for udledning af spildevand som i start 1900-tallet, hvor søen var kendt for at være meget ren.

Furesø´s bund havde stadigt et for højt indhold af fosfor og fra 2003-06 var der et stort restaureringsprojekt. Dette skulle forbedre natur og miljø i søen og føre den tilbage til dens tilstand omkring år 1900.

Det er tilladt at fiske i Furesø. Der kan fanges gedde, skaller, aborre, sandart, brasen.