Hvor Anholt Fyr står i dag, stod et af Danmarks første fyr (sammen med Skagens). Allerede tilbage i 1561 blev det første fyr her bygget. Det var en fyrpande (vippefyr), hvor der blev anvendt brænde fra øens dengang eksisterende skov. I 1572 ændrede man fyret til et papegøje fyr, hvor man sandsynligvis udnyttede træet mere effektivt.
Det nuværende Anholt Fyr er 42 m. højt og blev opført i 1785. Dette var et åbent kulfyr. Fyret blev under englandskrigene (1807 – 1814) besat, hvorpå det blev udvidet med et forsvarsanlæg. Dette ses i dag som en rund kasemat omkring fyrets fod.

Man ombyggede fyret i 1842 med roterende spejle og forsynet med otte argandiske lamper – olielamper med en argandbrænder, som ved en særlig opbygning gav en større lysstyrke. Disse blev udskiftet i 1904 med en glødenetsbrænder til petroleum, og det blev fuldautomatiseret i 1963 og forsynet med en gasbrænder.
Der blev i 1996 opsat solceller og en glødelampe. Tæt på fyret, syd for, ligger der en rombeformet fyrgård, som er fra 1826. Denne er i dag privatejet og fredet.