Inden reformationen var Børglum Kloster domkirke, men efter reformationen flyttedes bispesædet væk fra Børglum. I 1553 afgjorde den danske konge, at biskoppen skulle bo i Aalborg. Dengang hørte Aalborg til Viborg stift, men i 1554 blev Aalborg flyttet fra Viborg stift og blev til det nuværende Aalborg stift. Herefter blev kirken domkirke for Aalborg Stift og sognekirke i Budolfi Sogn.

Budolfi Kirke er opbygget med et midterskib, to sideskibe, våbenhus og tårnrum i slutningen af 1300-tallet i gotisk stil i gule munkesten. Den bliver nævnt i Danske Atlas med årstallet 1399. I 1899-1900 blev sakristiet mod nord – Gammel Torv – tilføjet ved en stor renovering af kongelig bygningsinspektør Hack Kampmann, og i 1942-1943 tilføjede kongelig bygningsinspektør Einar Packness 14 m. til koret samt kapelbygningen mod syd – Algade.

Spiret er opført i 1779 for de testamentariske gaver. Disse gav søskendeparret Jacob og Elisabeth Himmerig i hhv. 1773 og 1774. Spiret har lige siden stået som Aalborg bys vartegn. De 4 identiske urskiver, der sidder på hvert af tårnets sider er udført i 1817. De var af den aalborgensiske blikkenslagermester Frederich Vilhelm Meyer. På tårnets sydside findes et solur, som fortæller, at kirken ikke ligger øst/vest, men 10 grader mod syd.