Højer Kirke er formentlig fra omkring år 1100. Oprindelig bestod kirken af skib, kor og apsis, hvor til tårnet og våbenhuset mm. blev tilføjet i løbet af 1400-tallet.

I 2009 fik kirken sit nuværende udseende. Inventarets farver på bænke, alterbord, knæfald og hynder er tilpasset farverne på kirkens historiske inventar, sådan så kirken fremstår smuk og harmonisk. Også døbefonten og prædikestolen blev gennemgribende restaureret. Kirkens lysekroner blev restaureret i 1956, blev også renoveret og fik nye ophæng. Der blev installeret automatisk klokkeringning. Kirkens indre murværk blev også reperaret med en kalkning af kirkens indre murværk under Nationalmuseets vejledning, men disse er allerede begyndt at afskalle pga. et usædvanligt stort saltindhold i kirkens murværk. Kirkens blytag blev fornyet i 1997.