Det var Emil Roll der Højer Mølle opføre. Møllen var i funktion som kornmølle indtil 1972. Den blev restaureret 1976-77 og indrettet som Mølle-og Marskmuseum. Da blev vingerne afkortet med ca. 2 m og udstyret med klapper til sejl, mens krøjeværket foregår manuelt fra galleriet. De fem øverste lofter er indrettet til formaling af kornet.

Undermøllen var indrettet som en butik. Den nordlige dør er dekoreret med Højers byvåben og inskriptionen *Mari Natus*.

Broloftet
Det øverste loft af undermøllen hedder broloftet. Navnet er efter *broen* som er den konstruktion der bærer loftet ovenover. De kraftige stolper kaldes brostolperne.  Her er en melsigte og meltudene, hvor det malede mel drysser ned i sækkene.

Kværnloftet
De fire kværne, der maler kornet, er placeret på det første loft i overmøllen – kværnloftet. Selve hovedakslen, der løber tværs ned gennem møllen, ender her i dette leje. Fra kværnloftet er der en dør, som fører ud til galleriet, hvor møllen startes og bremses.