Ørkenen på Anholt er et stort område (ca. 80% af øen) på den østlige del af Anholt. Det er dog ikke en rigtig ørken, da nedbørsmængden er for stor, selvom Anholt er et af de regnfattigste området i Danmark. Her er landskabet ørkenagtigt med klitter, strande med strandvolde, med stortset ingen plantevækst. Området blev fredet i 1938. 

Den spredte bevoksning af fx. hjelme, marehalm, revling, gøgeurt, ulvefod, pors og evighedsblomst. Ørkenen har aldrig været opdyrket, og derfor heller ikke pløjet. Derfor er landskabets som da istiden forlod området for 10.000 år siden. Dette er ret unikt i Danmark. Der foretages aktivt trærydning ind i mellem, hvis ikke, ville området formentlig springe i skov, hvilket der var frem til slutningen af 1500-tallet. Her var der fyrreskov. Skoven blev dengang brugt til driften af fyret, da det var baseret på et bål.

Formentlig har sandflugt bidraget til den nuværende topografi. Man kan sagtens selv begive sig ud i ørkenen, men om sommeren arrangeres der ørkenvandringer. Stien ud til fyret er markeret med vandre stolper.

Bilkørsel og knallertkørsel i Ørkenen er ikke tilladt.

Længst mod nordøst af ørkenen er spidsen, Totten. Denne spids er total fredet pga. sælerne yngler her. Disse kan ses fra Anholt Fyr.