Det oprindelige fyr stod færdig i 1842, men det var imidlertid for svagt til at bære optikken og slog revner. Efterfølgende slog murermester Sibbern tårnet ned og byggede et stærkere. Sibbern havde formentlig misforstået beregningerne af murernes tykkelse, men han påstod at de oprindelige tegninger af Holgreen ikke var gode nok. Dette faldt ikke godt ud, og Holgreen hængte sig i fyrets kælder.

Jens Poulsen Jacobsen blev efterfølgende nu konduktør. Det nye fyr stod klar til 1843. I 1889 blev Hanstholm Fyr det første danske fyr med monteret med elektrisk lys og det fik en 1. ordens fresnel-linse – som gjorde det til den kraftigste fyr i verden i en periode.

Ved Hanstholm Fyr er der en fyrmesterbolig.