Historien
Opførelse og anvendelse Kvarteret var for søfolk, da flåden under Christian 4. voksede, og der kom behov for rigtige boliger til de menige og deres familier. En andet kvarter hed tidligere *Skipperboderne*, og var først opført på Bremerholm. Dette var forbeholdt officerer. Det var dette kvarter der dannede forbillede for det nye Nyboder.

Nyboders første 20 huse blev opført i 1631 på de grunde, kongen tidligere havde købt uden for København. Først var navnet på den nye bydel *dy Boer til Søefolckied*, senere *Bådsmandshusene*. I alt blev der bygget ca. 200 boliger på ca. 40 m². Lejlighederne var spejlvendte, hvor to og to vendte ryggen mod hinanden. Dette gav problemer mht. varme og kulde, fordi nogle fik sol, andre ikke.
Ifht. datidens arbejder boliger, var disse forhold gode. Nyboder var næsten færdig i 1641 er det Nyboder ved at være færdige. Husenes farve var dengang i dannebrog farverne med hvide kalket mure og røde skodder. I dag er de okkergule med rødt tag.

Indtil 2006 var Nyboder fortsat lejeboliger for forsvarets personel, og Søværnet havde fortrinsret til boligerne. Herefter har både Hæren og Flyvevåbnet fået brugsret til boliger og de tre værn deler dem nu på lige vilkår.

I dag omtales hele Nyboder-området som ét samlet område. Men det er egentlig inddelt i De Grå Stokke, De Gule Stokke samt flere omkringliggende gader.

Vedligeholdelse
Nyboderboligerne ejes af Forsvaret. og administreres af Forsvarets Bygnings Etablissement. I 2011 begyndte Forsvaret begyndte at sælge flere af boligblokkene i Nyboder-kvarteret fra – dette gjaldt kun uden for De Gule Stokke. De Gule Stokke blev renoveret, i samarbejde med A.P. Møller og Hustru Chastine Mærsks Fond. I 2013 var husene klar til at genhuse Forsvarets ansatte.

Angreb på Nyboder
Flere gange har Nyboder været udset til at blive revet helt ned. I 1650 fandt det første salg sted af Nyboder-huse. Få år senere blev der skåret yderligere af i yderkanterne. I 1700-tallet blev der dog bygget nye huse på to etager, mens man nedrev de oprindelige enetagesboder i 1800-tallet.
Af disse er der kun én længe tilbage, *Nyboders Mindestuer*, der blev bygget i 1635 og fredet i 1918.
Igen i 1852 begyndte Marineministeriet at sælge ud af grundene. Dette år blev en karré, omfattende hele Kattegade og Pindsvinegade mm. bortsolgt ved auktion.
Efterfølgende skete der flere omdøb af gadenavnene, trods protester. Flere planer om renoveringer, tilbygninger mm. gik i vasken, men i 1890’erne blev de fleste huse kraftigt renoveret.

Nyboder blev fredet i 1944 og De Nye Stokke blev fredet i 2006.