Formentlig efter en brand i 1400-tallet (1402), blev en række kapeller på hver side af kirken ombygget til et sæt sideskibe.
Derved kom kirken til at fremtræde som en femskibet bygning.
Denne blev gennemgribende restaureret 1882-1904 af arkitekten H.C. Amberg, samt af arkitekturhistoriker og præst ved Ribe Domkirke Jacob Helms.

Tympanonfeltet over tværskibets sydportal, Kathoveddøren, er blandt de største eksisterende romanske granitrelieffer.
En trekantet sandstensrelief herover viser Det Himmelske Jerusalem.
Blandt de bevarede kalkmalerier findes 1200-tallets arkitekturornamentik og to figurfremstillinger fra ca. 1525.
De talrige gravminder er bla. Claus Bergs gravsten over biskop Iver Munk (d. 1539).
Apsis er udsmykket 1983-88 af Carl-Henning Pedersen med kalkmalerier, mosaikker og glasmalerier.