På Ertholmene yngler mindst 15.000 par og mange trækfugle. De ruger på Ertholmene fordi der er mad og fred. Langt de fleste ynglefugle er hav- og kystfugle, som fx. alke, lomvier, edderfugle og sølvmåger.
Alk og Lomvie er havfugle, og de kommer kun i land ved yngletid.
På Græsholm, der er et fuglereservat med adgangsforbud ruger sølvmåger, alke og lomvier. De fleste edderfugle ruger på Christiansø og Frederiksø i haver og på befærdede stier. Alke og lomvierne lever især af en lille sildefisk brisling, som der findes mange af omkring øerne. Edderfuglene lever mest af blåmuslinger.

Når edderfugleneællingerne er klækket svømmer de i store flokke med hunnerne til Bornholm. Dette gør de fordi der er mere mad til ungerne, såsom tanglopper og småmuslinger.
Edderfuglenes yngletid er fra 1. april til 15. juni. I den periode er det ikke tilladt at færdes udenfor murene.
På Ertholmene er der registreret 52 forskellige ynglende fuglearter, men der er kun 25 tilbage nu. De mest almindelige er småfugle som solsort, gråspurv, landsvale og bysvaler.
På Christiansø har der i 40 år været en feltstation, der forsker i fuglene og øernes natur.

Trækfugle
Bramgæs og blåmejse.
Ertholmene er en god hvileplads for trækfugle over Østersøen. Forårstrækket på øerne er fra marts til april/maj og slutter i juni, og efterårstrækket er fra august til november. Det er især rødhals, fuglekonge, løvsanger og drosler. Når der er flest, øerne være et helt levende af småfugle. På de mest stille disede dage er mængden af rastende fugle stor. Trækfuglende bliver kun i kort tid, da der ikke er særlig meget mad på Ertholmene.