I 1562 blev Rønne tildelt kongelig tilladelse til at adoptere et byvåben med tre hvide torsk i et blåt felt. Dette skete, da byen tidligere ikke havde haft et officielt våbenskjold, men i stedet anvendte et segl med tre fisk. Rønne Latinskole, der stammer fra det 16. århundrede, blev etableret i 1578. Lensmanden på Bornholm blev instrueret i at sikre, at skolemesteren i Rønne årligt modtog en skilling fra hver af øens indbyggere til hans underhold. I løbet af 1600-tallet blev Rønne militært og administrativt centrum, da Hammershus forfaldt. I 1658 blev Bornholm underlagt svenskerne efter freden i Roskilde, men bornholmske oprørere tog kontrollen tilbage og vendte øen tilbage til Danmark.

Pesten & Ildebrand

Under enevælden blev Rønne ramt af pesten i 1618 og 1654, samt en ildebrand i 1666. Der var flere forsøg på at udvide byens befæstning i 1700-tallet, men de blev droppet eller ikke fuldført. I 1761 blev havnen udvidet, og to batterier blev opført til dens beskyttelse. Byen blev ramt af en brand i 1760, der ødelagde 27 gårde.

I 1806 blev latinskolen reduceret til en “middelskole”, men denne beslutning blev ophævet i 1818. Rønne havde et skolelærerseminarium fra 1816 til 1820, ledet af Laurits Andreas Hjorth, en lokal sognepræst. Rønne Theater blev bygget i 1823, og Bornholms Avis blev grundlagt i 1828.

I 1852 blev latinskolen omdannet til en højere realskole, der stadig var en statsskole, men underviste i latin og græsk. Ved slutningen af 1800-tallet blev et privat artiumskursus etableret af lærerne ved realskolen. I 1892 blev skolen igen en lærd skole med dimissionsret.

I slutningen af 1800-tallet og begyndelsen af 1900-tallet oplevede Rønne en stigning i befolkningen og industriel aktivitet. Byen havde flere fabrikker og industrier, herunder bryggerier, mejerier, møller, fabrikker til fremstilling af fajance og tegl, samt et theater og en avis. Folk fandt beskæftigelse inden for en række sektorer, herunder håndværk, industri, handel og transport.

Mellemkrigstiden så en stabil vækst i Rønnes befolkningstal. Fra 1916 til 1940 steg antallet af indbyggere gradvist fra 9.629 til 11.012. Byen oplevede dog ingen betydelig forstadsudvikling i denne periode.

Bornholms besættelse

Under besættelsen på Bornholm forløb situationen relativt fredeligt sammenlignet med andre områder i landet. Tyskerne og danskerne havde begge interesse i ro på øen. Tyskerne anvendte Bornholm til hemmelige tests af V1- og V2-bomber og u-både, mens den danske modstandsbevægelse brugte øen som transitsted til transport af flygtninge og våben til og fra Sverige. Men befrielsen af Bornholm var dramatisk. Øen var af stor strategisk betydning for tyskernes tilbagetrækning, og den tyske kommandant havde ordre til kun at overgive sig til de vest-allierede. Da Tyskland kapitulerede til Vestmagterne den 4. maj 1945, blev Rønne og Nexø bombet af russerne den 7. og 8. maj. De to byer blev evakueret, og russerne besatte Bornholm indtil den 5. april 1946.

Efter krigen modtog Bornholmerne hjælp fra forskellige kilder til genopbygningen af Rønne og Nexø. Den svenske stat skænkede 300 træhuse, som stadig står i dag og er meget værdsatte. Som en betingelse for deres tilbagetrækning krævede russerne, at Danmark selv skulle kunne besætte øen. Danske militære enheder blev derfor stationeret på øen, og Almegårdslejren blev oprettet mellem 1946 og 1948.

Efter krigen fortsatte Rønnes befolkningstal med at stige. Fra 1945 til 1965 voksede antallet af indbyggere fra 11.497 til 13.216. I samme periode begyndte der at udvikle sig to forstadsområder, Strandmarken og Søndermarken, i Knudsker Kommune.